Sistem dan struktur organisasi pesantren:
- Pemilik: Muhammadiyah
- Pengelola: Majlis Pendidikan Dasar dan Menengah PCM Patean
- Pelaksana: Direktur Pondok Modern Darul Arqom ( Drs. Iskhaq )
Pola kepemimpinan Pesantren:
Kepemimpinan kolegial terstruktur
Pola Manajemen Pesantren:
- TOP manajemen: Direktur Pondok, Majlis Dikdasmen, PCM Patean
- Midle manajemen: Kepala pengasuhan, kepala MI, kepala. MTs, kepala. KMI, kepala. TK, Kepala Ma, Kepala SMK dan wakil-wakil
- Low manajemen, wali kelas, Guru, Ustadz/ah.
Jumlah staff dan dewan guru/ustadz/ah yang mengajar di pesantren:
170 ustadz/ah, 7 orang tenaga TU, 6 orang tukang kebun dan 10 orang ibu dapur.